1979年的皇马进入了另外一个时代，南斯拉夫人博斯科夫执教的时代，当年的国王杯决赛发生在皇马和“皇马二队”卡斯蒂利亚之间，最终皇马6比1大胜。而在第一年入主伯纳乌即夺得双冠王的博斯科夫在第二年遭遇了严峻的考验，联赛冠军的争夺在最后一分钟败给了皇家社会，而欧洲赛场上好不容易打进决赛的皇马却最终被利物浦人阿兰·肯尼迪的进球摧毁，而在当季国王杯比赛里皇马也是功亏一篑，他们由于冠军杯的失利而受到了巨大的心理打击，并被希洪竞技淘汰，本来有望三线折桂的皇马在1981年只能两手空空。
1982年的世界杯决赛在伯纳乌球场进行，意大利3比1击败联邦德国第三次夺冠。但那个年代里人们更多记住的却是皇马“球员罢工”的混乱。随着独裁者佛朗哥的离世，1982年和1984年9月9日，皇马球员进行了历史上两次重要的罢工，其中前一次还直接造成了当时落后第一名2分的皇马丧失了当赛季的西甲冠军。但暂时的混乱无法改变这家俱乐部伟大的灵魂，1985年5月4日，皇马赢得历史上首座联盟杯之后的第3天，皇马历史上第三位德高望重的主席门多萨入主伯纳乌，他治下的10年是皇马重新走向辉煌的序曲。